CIC bioGUNE. Plataforma de Genómica, Proteómica, Metabolómica y Silenciamento Génico

CIC bioGUNE es una asociación sin ánimo de lucro establecida a iniciativa del Gobierno Vasco, según las directivas del Decreto de creación de los CIC ( BOPV 7/10/2002), que inició su actividad en enero de 2005 con la misión de generar nuevo conocimiento, la transferencia tecnológica, la formación de alto nivel y la explotación de resultados en el área de la biomedicina. Desde su inicio, se establecieron cuatro plataformas tecnológicas (análisis de genomas, proteómica, metabolómica y biología estructural) cuya finalidad era posibilitar a los investigadores del centro y del País Vasco el uso de nuevas tecnologías en dichas áreas. Las plataformas tecnológicas de CIC bioGUNE han formado parte de CIBEREHD, desde su creación en 2007, como plataformas integradas, proporcionando servicios y asesoría en el diseño e interpretación de resultados en las áreas mencionadas. Hasta 2014 se han realizado 102 servicios por valor neto de 727.000€ y se ha participado en la publicación de 107 artículos con otros miembros del CIBEREHD.

En cuanto a metabolómica se refiere, tanto desde nuestra plataforma en CIC bioGUNE, como desde OWL metabolomics, spin off de CIC bioGUNE dedicado a metabolómica, se ha contribuido a impulsar la utilización de la metabolómica como herramienta de investigación. Como resultado de ello, podemos citar la concesión del proyecto INTERCIBERS “Understanding obesity (Ob), metabolic syndrome (MetS), type 2 diabetes (T2DM) and fatty liver disease (FL): a multidisciplinary approach”, en el que participan también CIBERSAM, CIBEROBN y CIBERDEM, el proyecto LIVERBIOMARK, o la comercialización del OWLliver, un test metabolómico para el diagnóstico no invasivo de la enfermedad del hígado graso no alcohólica ( NAFLD), que ya se está empleando en diversos hospitales y centros adscritos a CIBEREHD.

Plataformas:

La plataforma de metabolómica de CIC bioGUNE a través de su sistema de UPLC-MS analiza de una manera cuantitativa y altamente sensible metabolitos de bajo peso molecular (menor a 1500 Da) que incluyen más de 30.000 diferentes moléculas como por ejemplo azúcares, amino ácidos, ácidos grasos, lípidos y nucleótidos. En colaboración con OWL metabolomics y distintos grupos de CIBEREHD la plataforma de CIC bioGUNE se ha especializado en el análisis dirigido de metabolitos con naturaleza química polar con afinidad por columnas de cromatografía HILIC o AMIDE. Actualmente ofrece servicios para determinar los principales metabolitos del metabolismo de la metionina, del metabolismo de las pirimidinas y de los folatos. La plataforma de metabolómica ha coordinado en CIC bioGUNE el proyecto LIVERBIOMARK desarrollado en colaboración con OWL metabolomics y el Hospital Clinic de Barcelona con objeto de encontrar marcadores no invasivos de cirrosis. En colaboración con el Dr. Jesús Bañales lleva a cabo una caracterización molecular de exosomas secretados por colagiocitos con especial interés en modelos de colangioma. En colaboración con grupos del Hospital Universitario de San Sebastián y OWL metabolomics está caracterizando el metaboloma de heces con el fin de identificar nuevos marcadores no invasivos del cáncer colorectal. También gracias a estas colaboraciones ha desarrollado herramientas basadas en el análisis metabolómico del suero para determinar toxicidad hepática. La plataforma cuenta con personal altamente cualificado con experiencia en la extracción de metabolitos en distintos cultivos celulares, muestras de tejidos (hígado, cerebro, hipocampo, nervio ciático) así como en muestras de heces, orina y sangre, tanto en modelos experimentales como en muestras humanas. Gracias a esta experiencia acumulada la plataforma ofrece apoyo en el diseño experimental a compañías y laboratorios de investigación interesados en aplicar esta tecnología en sus investigaciones. Existe un interés creciente en el desarrollo de aplicaciones metabolómicas para una mejor comprensión a nivel molecular de patologías así como para desarrollar novedosas herramientas de diagnóstico precoz. En este sentido, el análisis metabolómico en el CIC bioGUNE de muestras por espectroscopía de RMN posibilitará, además, la integración de dos grandes estrategias de investigación: la investigación biomédica en biología celular (que aporta el problema biomédico y que tiene acceso a las muestras) y la biología estructural (que aporta la metodología y la tecnología).

La plataforma de proteómica ha ofrecido apoyo científico tecnológico a diferentes laboratorios CIBEREHD del CIC bioGUNE y así como laboratorios externos. Entre los internos podríamos mencionar las colaboraciones con grupos en el contexto de enfermedades hepáticas, en exosomas o en el análisis de modificaciones post-traduccionales y glicomica. En cuanto a los usuarios externos podemos citar a grupos como el del Hospital Clinic: peptidómica de orina de pacientes cirróticos; (IGTP): análisis proteómico de hepatoblastomas infantiles; (BioDonostia), análisis proteómico de colangiocarcinomas. La plataforma de proteómica ha publicado 18 artículos en revistas internacionales donde se cita la adscripción a la red CIBEREHD.

La plataforma de análisis de genomas ha puesto a disposición de los grupos del CIBEREHD todas las tecnologías desarrolladas, así como la colaboración durante los diseños experimentales especialmente de estudios de genoma o transcriptoma completo. Gracias a estas interacciones, la responsable de la plataforma participa por un lado como coIP en un proyecto FIS con un grupo del CIBEREHD, y en otros casos, a parte de realizar la experimentación de laboratorio necesaria para generar los datos solicitados, también está involucrada en los análisis de datos, generación de gráficos específicos, e interpretación de resultados. Prueba de ello, son diversas publicaciones conjuntas con estos grupos y otros trabajos que están en preparación.