Celebrada la II Escuela de Investigación del CIBEREHD

CIBER | lunes, 10 de octubre de 2022

El CIBEREHD celebró el 5 y 6 de octubre en el CICbioGUNE, Bilbao, la II Escuela de Investigación, una innovadora actividad para la formación científica que tuvo como objetivo la formación de los investigadores del centro en el ámbito de la investigación de las ómicas y promover las interacciones entre los distintos grupos del CIBEREHD. Durante dos días los investigadores tuvieron la oportunidad de asistir a una conferencia magistral conducida por Urko Martínez Marigorta y de conocer los protocolos de diferentes plataformas:

Plataforma Metabolómica basada UHPLC-MS/MS - Juan Manuel Falcon

La metabolómica es una tecnología que estudia más de 30.000 moléculas con gran diversidad química y que juegan un papel central en el metabolismo y la biología de los organismos.  Entre estas moléculas se incluyen los azucares, los aminoácidos y sus derivados, las vitaminas, los nucleótidos y sus precursores, los ácidos grasos y los lípidos en sus diferentes versiones. En particular, la metabolómica basada en cromatografía liquida acoplada a la espectrometría de masas (UHPLC-MS/MS) -gracias a su alta sensibilidad y reproducibilidad- permite realizar estudios de alto rendimiento analizando muchas de estas moléculas simultáneamente en un volumen de muestra muy reducido.

Plataforma de Proteómica - Felix Elortza

La proteómica se ha convertido en una poderosa herramienta para ayudar a descubrir las bases moleculares a nivel celular y también en la búsqueda de biomarcadores.  Con ese fin aplicamos la metodología denominada cuantificación relativa de proteínas sin marcaje, mediante cromatografía líquida a escala nano acoplada en línea a espectrometría de masas en tándem (relative quantitation by Label free nLC MS/MS). Para ello contamos con uno de los sistemas nLC MS/MS más sofisticados del mercado: EVOSEP ONE (nLC) acoplado a TIMS Tof Pro (MS/MS). Esta tecnología permite obtener un altísimo rendimiento en capacidad de procesado y sensibilidad.

Plataforma Microscopia Electrónica - Nicola GA Abrescia

La crio-microscopía electrónica (crio-EM) ha demostrado en los últimos años ser una técnica de biología estructural muy poderosa capaz de analizar macromoléculas o complejos proteicos a resolución atómica que antes eran intratables, permitiendo a los investigadores abordar cuestiones cada vez más desafiantes en Biología y Biomedicina. En concreto, la crio-EM puede hacer frente cada vez más a los problemas a los que se enfrentan los biólogos, por ejemplo, con el estudio ex vivo de muestras que presentan una heterogeneidad significativa y/o una baja biodisponibilidad o in situ mediante la crio-tomografía electrónica celular (crio-ET) de los complejos macromoleculares en entornos celulares casi-nativos.

Plataforma de RMN - Oscar Millet

Desde hace varios años, la espectroscopia de alta resolución mediante Resonancia Magnética Nuclear (RMN) ha demostrado su eficiencia en el estudio y análisis metabolómico de todo tipo de biofluidos, proporcionando una amplia información del metaboloma con relación a condiciones patológicas o estados fisiológicos de un organismo. Es una técnica cuantitativa y no destructiva y la alta reproducibilidad en las técnicas de RMN ofrece a este método un gran número de ventajas sobre otras técnicas analíticas. De hecho, la tecnología RMN ha sido utilizada para el estudio de un amplio rango de enfermedades, a través del estudio de biofluidos, células y tejidos intactos obtenidos a través de biopsias.

Plataforma de Genómica - Ana M. Aransay

Durante los últimos 20 años, la tecnología en el campo de la genómica ha avanzado vertiginosamente. Como resultado, se han desarrollado cientos de estrategias genómicas, principalmente tecnologías de arrays y secuenciación de alto rendimiento, junto con la correspondiente panoplia de máquinas y protocolos. Estas técnicas permiten buscar eventos como variantes de secuencia de DNA (estudio de SNPs, secuenciación de genoma o exoma), expresión diferencial de genes (smallRNAseq, microRNAseq, mRNAseq, RiboTag-seq y RIPseq (RNA-ImmunoPrecipitation)), modificaciones epigenéticas (metilación de DNA del genoma o del DNA mitocondrial), cambios en la estructura de cromatina (ATACseq) o la composición de microbioma diferencial (metagenómica) que puedan ser causantes de enfermedad, resistencia a antibióticos, susceptibilidad al cáncer, etc., y, por tanto, fuentes de diseño de herramientas para la medicina de precisión, entre otros objetivos.

Plataforma Seahorse: Análisis metabólico celular en tiempo real - Malu Martínez-Chantar y Teresa Cardoso

Los analizadores Seahorse XF miden las tasas de flujo de oxígeno mitocondrial y la tasa de acidificación extracelular de células, mitocondrias y tejidos vivos intactos en un formato de placa de 8, 24 o 96 pocillos múltiples. Esto permite interrogar funciones celulares clave para el metabolismo energético hepático como la respiración mitocondrial y la glucólisis. Esto es particularmente relevante una vez que se se ha propuesto que una disfunción mitocondrial jugaría un papel fundamental en el desarrollo de enfermedades hepáticas como por ejemplo hígado graso no alcohólico y enfermedad hepática por tóxicos entre otros y, por otro lado, se ha visto que las células cancerosas dependen particularmente de la glucólisis para la proliferación acelerada. Además, a través de esta técnica es posible la monitorización a tiempo real del efecto de fármacos tanto en la glucólisis como en la respiración mitocondrial, así como en la producción total de ATP.

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